建按察使之後，章吉仁與他的厄運便不期而遇。福建通海案是他任職福建按察使時一手查辦的通天大案，也是他的政績所在。于成龍到來之後，卻以證據不足徹底推翻了福建通海案。章吉仁因此受到了被朝廷連降六級的嚴厲處罰。同鄉故友，幾乎反目成仇。