俱樂部生涯
橫濱飛翼時期
1998年，遠藤保仁高中畢業後進入了橫濱飛翼足球俱樂部，在1998賽季日本J聯賽揭幕戰中，遠藤首發出場。在聯賽第15輪橫濱飛翼對陣鹿島鹿角的比賽中，遠藤打入了個人職業生涯的首個進球。
1998賽季結束後，橫濱飛翼足球俱樂部宣告破產解散，遠藤保仁選擇離開球隊。
京都不死鳥時期
1999年1月，遠藤保仁加盟京都不死鳥足球俱樂部，與三浦知良、朴智星、松井大輔為同期隊友。1999賽季，遠藤保仁代表京都不死鳥在日本J聯賽16場比賽中首發出場打入1粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰4場。
2000賽季結束後，京都不死鳥足球俱樂部遭遇降級，遠藤保仁再度選擇離開球隊。
大阪鋼巴時期
2001年1月，遠藤保仁加盟大阪鋼巴足球俱樂部。2001賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽29場比賽中首發出場打入4粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰7場，打入1粒進球。
2002年，西野郎入主大阪鋼巴，遠藤保仁開始成為球隊主力球員。2002賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽30場比賽中首發出場打入5粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰9場，打入1粒進球。
2003年，遠藤保仁首次入選日本J聯賽年度最佳陣容。2003賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽30場比賽中首發出場打入4粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰8場，打入0粒進球。
2005年12月3日，日本J聯賽最後一輪大阪鋼巴客場挑戰川崎前鋒，遠藤保仁在比賽第79分鐘打入一粒進球，幫助球隊最終以4-2的比分戰勝對手奪冠。2005賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽中出戰33場，打入10粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰6場。
2006年10月，遠藤保仁被確診病毒性感染病毒性肝炎並休戰，於同年12月2日的聯賽中復出。2006賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽25場比賽中首發出場打入9粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰4場，打入1粒進球。
2007年11月3日，大阪鋼巴在日本聯賽杯決賽中擊敗川崎前鋒首次獲得聯賽杯冠軍，遠藤保仁在比賽中首發出場。2007賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽全部34場比賽中首發出場打入8粒進球，在聯賽杯及天皇杯賽中共出戰12場，打入1粒進球。

2008年6月底遠藤再度被確診感染病毒性肝炎。10月至11月，在亞足聯冠軍聯賽半決賽和決賽的四場比賽中，遠藤保仁四次出場打進三球，幫助大阪鋼巴成功捧杯。賽後，遠藤保仁當選亞足聯冠軍聯賽年度最佳球員並獲得亞洲足球先生提名。12月18日，在國際足聯俱樂部世界盃半決賽的比賽中，大阪鋼巴與來自英格蘭足球超級聯賽的曼徹斯特聯隊相遇，遠藤保仁在比賽的第85分鐘取得了個人在世俱杯比賽上的首粒進球。同年，遠藤保仁獲選日本年度最佳球員。
2009年11月，遠藤保仁被亞足聯評為亞洲足球先生，成為繼三浦知良、井原正巳、中田英壽、小野伸二之後第5名獲得該榮譽的日本球員。2009賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽中出戰32場打入10粒進球。
2010年1月1日，天皇杯決賽大阪鋼巴對陣名古屋鯨魚，遠藤保仁在比賽中梅開二度，打入兩粒進球和完成一次助攻，幫助大阪鋼巴衛冕天皇杯冠軍。
2011賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽33場比賽中首發出場，打進4個進球。
2012年6月23日，日本J聯賽第15輪大阪鋼巴對陣札幌岡薩多，遠藤保仁第35分鐘打入了個人在J聯賽中的第17個直接自由球進球，刷新了由三浦淳宏保持J聯賽直接自由球進球數記錄。7月21日，東日本大震災復興賑災比賽在鹿嶋體育場舉行，遠藤保仁以320709票的最高得票數入選J聯賽選拔隊。12月1日，大阪鋼巴日本J聯賽最後一輪不敵磐田喜悅，位列聯賽積分榜第17位，遭遇球隊隊史上首次降級 。2012賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽全部34場比賽中首發出場，打進5個進球。
2013年，遠藤保仁選擇留隊參加日本J2聯賽，並被任命為球隊隊長。2013賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴出戰日本J2聯賽33場並幫助大阪鋼巴奪得聯賽冠軍和重返J1聯賽的升級資格。賽季結束後，遠藤保仁獲選日本J2聯賽年度最佳球員。同年5月，遠藤保仁入選日本J聯賽編年史最佳陣容。
2014年11月8日，日本聯賽杯決賽大阪鋼巴對陣廣島三箭，遠藤保仁在第38分鐘助攻隊友派屈克取得進球，最終大阪鋼巴以3-2的比分逆轉對手奪冠。2014賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴出戰聯賽全部34場比賽、聯賽杯及天皇杯賽11場比賽，幫助球隊奪得包括聯賽、聯賽杯、天皇杯冠軍的三冠王榮譽 。賽季結束後，遠藤保仁當選日本J聯賽年度最佳球員及日本年度最佳球員。
2015年10月17日，遠藤保仁在日本J聯賽第二階段第14輪對陣浦和紅鑽的比賽中首發出場，完成了個人在J聯賽的500場聯賽出場。12月21日，遠藤保仁入選日本J聯賽年度最佳陣容，這是遠藤自2003年加盟球隊以來第12次入選聯賽最佳陣容。
2016年10月29日，遠藤保仁在日本J聯賽第二階段第16輪對陣新潟天鵝的比賽中取得了個人在J聯賽的100個進球。2016賽季，遠藤保仁代表大阪鋼巴在日本J聯賽全部34場比賽中首發出場，打進2個進球。
2017年4月30日，在日本J聯賽第二階段第9輪大阪鋼巴客場挑戰橫濱水手的比賽中，遠藤保仁進入替補名單且沒有獲得登場機會，這是遠藤保仁自1998年4月以來首次在聯賽比賽中未能出場。

國家隊生涯
2010年南非世界盃，遠藤保仁用自由球打破丹麥隊球門
1999年4月，遠藤保仁入選日本U-20代表隊，代表球隊參加第10屆世界青年足球錦標賽並獲得亞軍。同年6月入選日本U-22代表隊2000年悉尼奧運會預選賽大名單。
2002年11月，遠藤保仁首度入選日本足球國家隊。11月20日，遠藤保仁在麒麟挑戰杯對陣阿根廷的比賽中首次代表國家隊替補登場。
2003年6月，遠藤保仁參加2003年法國聯合會杯並在三場比賽中全部首發出戰。8月20日，在日本隊同奈及利亞隊的比賽中，遠藤保仁取得個人在國家隊中的首粒進球，幫助球隊3比0獲勝。
2004年7月，遠藤保仁隨隊參加2004年中國亞洲杯並奪冠。
2006年，遠藤入選2006年德國世界盃日本隊大名單，但沒能獲得出場機會。德國世界盃後，遠藤從已退役的隊友中田英壽手中接過國家隊7號球衣。
2007年7月，遠藤保仁在2007年印馬泰越亞洲杯中出場6場取得1個進球。12月，岡田武史就任日本國家隊主教練，遠藤與隊友長谷部誠組成的雙後腰組合成為岡田麾下的主力陣容。
2010年，遠藤保仁入選日本隊2010年南非世界盃大名單。日本隊對陣丹麥隊的比賽中，遠藤憑藉一腳27米開外自由球直接破門，幫助球隊3比1取勝。之後在八分之一決賽日本隊對陣巴拉圭隊的點球大戰中，遠藤最先出場並罰入點球，但隊友駒野友一的點球罰失，日本隊最終止步於16強。本屆世界盃遠藤共首發出戰4場比賽，打入1粒進球。同年10月12日，遠藤保仁在日本隊對陣韓國隊的比賽中首發出場，完成了個人在日本國家隊的第100場國際A級比賽出場。
2011年1月，日本隊奪得2011年卡達亞洲杯冠軍，遠藤保仁在本屆賽事的6場比賽中踢滿全場。
2012年10月16日，遠藤保仁代表日本國家隊出戰第123場國際A級比賽，刷新了先前由井原正巳所保持的國家隊比賽最多出場紀錄。
2014年，遠藤保仁入選日本隊2014年巴西世界盃大名單，成為隊中唯一一名連續三屆世界盃參賽的球員。本屆世界盃，遠藤保仁兩次在下半場替補出場。最終日本隊在小組賽中遭遇淘汰。
2015年1月，澳大利亞亞洲杯，遠藤第4次代表國家隊參加亞洲杯比賽，在4場比賽中打入1個進球。亞洲杯結束後，瓦希德·哈利霍季奇接任日本國家隊主教練，新的主教練不再將遠藤招入國家隊陣中。
截至2016年12月，遠藤保仁的國家隊出場數定格在152場，是日本國家隊國際A級賽事最多出場紀錄保持者。