2001年，參演《不要和陌生人說話》飾演暴力的安嘉和。2004年12月，在馮小剛的賀歲電影《天下無賊》中飾演娘娘腔劫匪。2005年，自導自演電視劇《滴血玫瑰》。

2006年，與殷桃、鄧超主演反映“無性婚姻”題材的電視劇《愛了散了》播出，反應家庭冷暴力的“無性婚姻”的話題成為大家關注的焦點。2007年，在電視劇《陽光普照大地》飾演20世紀70年代的工人。

2008年，在馮小剛電影《非誠勿擾》里飾演一個娘娘腔，提名第三十屆大眾電影百花獎最佳男配角。2009年，主演電視劇《偵探小說》，挑戰患有人格分裂症的警長劉志文，劇中馮遠征不僅首次挑戰動作戲，還分飾父子兩角；參演電視劇《新人到中年》，扮演了一位“妻管嚴”。

2012年2月，與李玉剛、余少群主演電視《百花深處》，馮遠征在繼《不要和陌生人說話》之後，再次在電視劇中演繹變態角色，迷戀上了李玉剛飾演的男旦蕭俊生。

2011年1月，與陳寶國合作電視劇《鋼鐵年代》，出演煉鋼工程師，與陳寶國飾演一對“宿命冤家”。2012年，與閆妮合作電視劇《婚姻料理》。

2014年1月，主演愛情喜劇電視劇《男媒婆》，飾演喜感十足的土豪老闆“潘高峰